A Irmandade da Misericórdia de Vila Viçosa, cujo primeiro documento conhecido data de 1504, esteve inicialmente instalada numa capela do antigo Hospital Real do Espírito Santo. D. Jaime, duque de Bragança e senhor da vila, outorgou em 1509 a administração do hospital à Confraria da Misericórdia, e em 1525 integrou-o definitivamente nesta instituição, à qual D. Manuel já concedera os mesmos privilégios da Misericórdia de Lisboa. A história das duas instituições seguiria a par, a partir de então. A igreja primitiva foi erguida em meados do século XVI, sabendo-se que em 1564 a eleição da Mesa era feita na capela da Igreja da Misericórdia. Pouco mais tarde, em c. 1568-1570, a igreja chegou a funcionar como Paroquial de São Bartolomeu, mas é hoje em dia conhecida apenas como Igreja da Misericórdia ou do Espírito Santo.
A fachada actual resulta de uma remodelação da 2ª metade do século XVIII. O elemento de destaque, ainda quinhentista, é um elegante portal de mármore enquadrado por entablamento clássico sobre colunas dóricas, encimado por janelão a eixo sob empena triangular. À direita da fachada levanta-se uma torre sineira recuada que, tal como o janelão, é também resultante da intervenção setecentista. As antigas dependências da igreja e hospital desenvolvem-se junto das fachadas lateral esquerda e posterior, em torno de um pátio central quadrangular
O interior é de nave única com coro-alto, coberta por abóbada de cruzaria de ogivas, com muros integralmente revestidos por azulejos policromos de tapete com padrão de massaroca e representações do Santíssimo numa custódia. Alguns destes painéis azulejares foram mutilados pela intervenção setecentista, quando o púlpito foi deslocado para permitir a construção da capela de Nossa Senhora do Loreto, revestida a talha dourada. A igreja integra ainda as capelas do Santíssimo Sacramento, de Nossa Senhora do Rosário e do Sagrado Coração de Jesus (antiga Capela das Almas), esta com retábulo em mármore.
A Capela-mor é sobrelevada, com silhares de azulejos de padrão policromo e decorações pintadas de motivos brutescos e ferroneries característicos do Maneirismo, e coberta por falsa abóbada de berço. Abriga o retábulo-mor em talha dourada barroca, de estilo nacional. A sacristia das Almas é revestida a azulejos figurativos com alguns elementos rococós atribuídos à oficina de Policarpo de Oliveira Bernardes, um dos principais artistas do denominado "Ciclo dos Mestres" joaninos. Finalmente, a actual Sala do Despacho era uma antiga enfermaria do hospital, ficando encostada às dependências hospitalares.
A igreja constitui um exemplar arquitectónico de grande importância na região, possuindo diversos elementos de boa qualidade representativos dos estilos maneirista e barroco, nomeadamente no que respeita ao acervo de talha dourada e azulejaria. Merece referência ainda a ênfase dada, na ornamentação e invocações das capelas, ao culto Mariano.
Sílvia Leite / DIDA - IGESPAR, I.P. /2011

Portaria n.º 165/2013, DR, 2.ª série, n.º 67, de 5-04-2013 (ver Portaria)
Procedimento prorrogado até 30-06-2013 pelo Decreto-Lei n.º 265/2012, DR, 1.ª série, n.º 251, de 28-12-2012 (ver Diploma)
Relatório final do procedimento aprovado por despacho de 12-12-2012 da diretora-geral da DGPC
Anúncio n.º 13399/2012, DR, 2.ª série, n.º 176, de 11-09-2012 (ver Anúncio)
Despacho de concordância de 24-01-2012 do diretor do IGESPAR, I.P.
Parecer favorável de 11-01-2012 da SPAA do Conselho Nacional de Cultura
Proposta de 9-12-2011 da DRC do Alentejo para a classificação como MIP
Procedimento prorrogado pelo Decreto-Lei n.º 115/2011, DR, 1.ª série, n.º 232, de 5-12-2011 (ver Diploma)
Anúncio n.º 16360/2011, DR, 2.ª série, n.º 215, de 9-11-2011 (ver Anúncio)

Procedimento prorrogado pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30-12-2010 (ver Despacho)
Despacho de abertura de 27-11-2009 do director do IGESPAR, I.P.
Proposta de 20-11-2009 da DRC do Alentejo para a abertura do procedimento de classificação
Proposta de classificação de 19-03-2004 da CM de Vila Viçosa