Com a transferência da Sé da cidade de Silves para Faro em 1577, a Ordem de Santiago que então ocupava a Igreja de Santa Maria, é obrigada a abandoná-la, indo construir uma nova igreja no local onde já existia, desde 1518, uma capela fundada pelos pescadores residentes no bairro da Ribeira.
Surge assim a Igreja de São Pedro ou Igreja paroquial, construção cujo interior em muito se assemelha ao da Sé.
Para além dos efeitos destrutivos do ataque dos ingleses nos finais do século XVI e do terramoto de 1755, refira-se que em 1757 um furacão destrói a torre sineira.
É uma igreja de três naves, a central mais alta, separadas por colunas dóricas e arcos de volta perfeita, em estilo renascentista.
Apresenta um pórtico semelhante ao Convento das Freiras, obra de um irmão do mestre que nessa época o construiu. A torre sineira e a decoração das suas oito capelas são em estilo barroco.
Rui Paula e Frederico Paula, Faro Evolução Urbana e Património, Câmara Municipal de Faro, 1993, p. 234 e 235.

Portaria n.º 101/2014, DR, 2.ª série, n.º 30, de 12-02-2014 (ver Portaria)
Procedimento (indevidamente) prorrogado até 3112-2011 pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30 de Dezembro (ver Despacho)
Despacho de homologação de 31-01-2003 do Ministro da Cultura
Parecer de 7-01-2003 do Conselho Consultivo do IPPAR a propor a classificação como IIP
Despacho de abertura de 23-10-1995 do presidente do IPPAR
Proposta de abertura de 16-10-1995 da DR de Faro
Proposta de classificação de 15-05-1995 da CM de Faro