O actual Convento de Santo António dos Capuchos foi construído em 1620, em terrenos ribeirinhos, mas próximos do centro urbano da então vila de Faro. Os frades Capuchos da Província da Piedade já estavam instalados na região desde 1516, tendo recebido de D. Fernando Coutinho, Bispo de Silves, os conventos de Lagos, Cabo de São Vicente, Silves e Faro. Aqui ficaram inicialmente instalados na ermida de São Sebastião, até que em 1529 teve início a construção de um primeiro convento, o Convento de São Francisco, patrocinado por D. Branca de Vilhena e pelo seu filho, Nuno Rodrigues Barreto, Alcaide de Faro. Deste edifício foram os frades Capuchos mandados retirar em 1541, por ordem de D. João III, para que as instalações fossem cedidas aos Franciscanos Observantes da Província de Portugal. Os frades Capuchos ocuparam então o convento que estes haviam deixado, em Vila Nova de Portimão. Regressaram a Faro a partir do já referido ano de 1621, para a casa da actual Rua Serpa Pinto, antes Rua dos Capuchos. A igreja anexa ao convento foi inaugurada em 1622, e os frades não voltariam a abandonar o local até 1834.
A fachada principal do conjunto corresponde à igreja, vazada no piso térreo por triplo pórtico de arcos redondos dando acesso a um nártex, típico da arquitectura capucha. Muito singela, a fachada é iluminada por uma única janela central, encimada por grande nicho com um relevo em barro figurando Santo António. De cada lado da empena triangular, muito pronunciada, ergue-se uma sineira. Adossado à esquerda da fachada fica o edifício onde funcionou a antiga cadeia comarcã, com portal monumental flanqueado por cunhais de cantaria em aparelho rusticado.
O interior do templo, de nave única, tem coro-alto sobre arco abatido. Todos os azulejos do interior são azuis e brancos As paredes da nave são percorridas por lambril de azulejos de albarrada, e as capelas laterais eram forradas com azulejos figurativos simulando um frontal de altar encimado por pintura de larga dimensão, hoje depositados no Museu Arqueológico de Faro. Do lado do Evangelho estava uma representação da Descida da Cruz, e do lado da Epístola a Morte de Santo António. Estes belos painéis poderiam dever-se à oficina de Valentim de Almeida, de acordo com J. M. dos Santos Simões, que vê neles afinidades com os azulejos do claustro da Sé do Porto, única obra de azulejaria documentada deste pintor lisboeta muito activo na época joanina.
O arco triunfal é revestido por talha dourada, tal como os retábulos colaterais, sendo todos datados de 1747. A capela-mor tem cobertura em abóbada de berço. As paredes são revestidas por um alto lambril de azulejos figurativos azuis e brancos do século XVIII, de grande qualidade, representando passos da vida de Santo António, e rematado por talha. Tal como boa parte do lambril da nave, estes painéis datam de c. 1730. O retábulo, do primeiro quartel do século XVIII, é igualmente em talha dourada, com tribuna entaipada por uma tela posterior.
O convento possui um pequeno claustro quadrado com arcos de volta perfeita. Foi ocupado pela Guarda Nacional Republicana, e uma parte adaptada a cadeia comarcã. O Museu Arqueológico e Lapidar Infante D. Henrique, hoje situado no convento de Nossa Senhora da Assunção, esteve por sua vez instalado na igreja, entre 1914 e 1973.
Sílvia Leite/DIDA-IGESPAR, I.P./2011

Portaria n.º 24/2014, DR, 2.ª série, n.º 7, de 10-01-2014 (ver Portaria)
Procedimento (indevidamente) prorrogado até 31-12-2011 pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30-12-2010 (ver Despacho)
Despacho de homologação de 10-08-1998 do Ministro da Cultura
Parecer de 29-07-1998 do Conselho Consultivo do IPPAR a propor a classificação como IIP
Despacho de abertura de 23-10-1995 do presidente do IPPAR
Proposta de abertura de 16-10-1995 da DR de Faro
Proposta de classificação de 2-03-1995 de particular