O primeiro milagre ocorrido na Fonte Santa remonta, de acordo com a tradição, ao século XVII, mas a construção do santuário só teve início na segunda metade da centúria seguinte. Não se sabe se entretanto houve alguma outra construção, mas as Memórias Paroquiais de 1758 apenas registavam a existência de uma capela dedicada a Santo António de Pádua e do cruzeiro que lhe era fronteiro, cuja imagem hoje se venera na capela-mor (de acordo com a lenda, foi para junto deste cruzeiro que jorrou a água milagrosa, pedida pelo pastor) (FERREIRA ALVES, 1987, p. 21).
Para as obras do santuário muito contribuiu a iniciativa do Arcebispo Primaz de Braga, D. Gaspar de Bragança, cuja importância neste processo é atestada pela colocação do seu brasão na fachada da igreja. A documentação subsistente estudada por Natália Ferreira Alves permite acompanhar as fases construtivas e conhecer os intervenientes. A capela-mor foi erguida antes da nave, em data incerta, seguindo-se, em 1774, o contrato para a obra de pedraria do corpo do templo, a cargo do mestre Francisco Correia de Matos (IDEM, p. 12, para a sua biografia veja-se pp. 15-16). Esta não deverá ter demorado muito tempo a ficar concluída pois no ano seguinte assinava-se o contrato para a obra de carpintaria com António de Mesquita Pais (IDEM, p. 15). Entre 1777 e 1778 era a vez da talha dourada (retábulo-mor, tribuna, retábulos colaterais, púlpitos, grades para o coro e para o púlpito), executada por Francisco Dias de Araújo, e com este documento encerra-se o ciclo de intervenções que se conhecem para a igreja (IDEM, p. 16).
No entanto, as obras prosseguiram e, na década de 1790, estava a ser construída a Casa dos Milagres, como atesta o ano de 1795 gravado no fecho de um dos arcos deste espaço.
Formado por um conjunto de edifícios que parecem desenhar um percurso interno, o santuário do Senhor de Perafita tem, para além da igreja, a Casa dos Milagres, a capela do Senhor dos Milagres, a fonte e o calvário.
A igreja, com nave octogonal e capela-mor rectangular profunda, flanqueada pelos corredores de acesso à sacristia, anexa à cabeceira, inscreve-se numa tipologia que se observa noutras igrejas nortenhas do denominado rococó bracarense (em Braga, Nossa Senhora da Guadalupe e a capela de São Sebastião, por exemplo), sob a influência de artistas como André Soares, à qual não é também estranha a fachada deste templo.
Com os cunhais marcados por pilastras e encimadas por fogaréus, a fachada principal é aberta por portal de verga curva envolto por pilastras e frontão interrompido pelas armas de D. Gaspar de Bragança. Esta envolvente liga-se à janela do coro, muito recortado, terminando o alçado num frontão contracurvado. No interior, as linhas estruturais estão marcadas por pilastras, destacando-se a presença de retábulos de talha dourada e branca. A capela-mor é coberta por tecto pintado em medalhões com a representação dos quatro Evangelistas e de Cristo, exibindo o retábulo uma antiga imagem pertencente ao cruzeiro que estava defronte da capela de Santo António de Pádua.
A torre sineira, de planta poligonal, e com uma fonte, encontra-se afastada da igreja. A Casa dos Milagres destaca-se pela varanda com arcarias. A partir desta, uma calçada conduz à capela com a mesma designação, também de planta poligonal e onde se encontram imagens alusivas à Crucificação, e muito perto localiza-se o Calvário, isto é, um recinto com cinco cruzeiros sem qualquer ornamentação.
Se na região de Trás-os-Montes a presença de santuários marianos era muito comum, o santuário do Senhor de Perafita insere-se numa vertente cristológica que denuncia a importância da devoção à Paixão de Cristo, no século XVIII, e à recriação do percurso do Calvário (IDEM, p. 2).
(Rosário Carvalho)

Portaria n.º 171/2013, DR, 2.ª série, n.º 67, de 5-04-2013 (com restrição) (ver Portaria)
Procedimento prorrogado até 30-06-2013 pelo Decreto-Lei n.º 265/2012, DR, 1.ª série, n.º 251, de 28-12-2012 (ver Diploma)
Anúncio n.º 13543/2012, DR, 2.ª série, n.º 197, de 11-10-2012 (ver Anúncio)
Procedimento prorrogado pelo Decreto-Lei n.º 115/2011, DR, 1.ª série, n.º 232, de 5-12-2011 (ver Diploma)
Parecer favorável de 23-02-2011 da SPAA do Conselho Nacional de Cultura
Nova proposta de 31-01-2011 da DRC do Norte
Procedimento prorrogado pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30-12-2010 (ver Despacho)
Proposta de 28-10-2009 da DRC do Norte para a classificação como CIP
Despacho de abertura de 18-08-2003 da vice-presidente do IPPAR
Proposta de abertura de 28-07-2003 da DR do Porto
Proposta de 7-02-2003 de um grupo de estudantes da Escola Superior de Educação de Lamego