No ano 1441 João Gomes da Silva instituiu missa quotidiana na capela primitiva dedicada a São Marcos. Passados dez anos foi erguido, no local da ermida, o Mosteiro do mesmo orago por doação de D. Brites de Menezes aos frades hieronimitas. Estas campanhas de obras quatrocentistas estiveram a cargo do mestre Gil de Sousa, arquitecto do rei D. Afonso V. No reinado de D. Manuel I foram executadas importantes obras que vieram a alterar a feição arquitectónica do edifício. Estas estiveram a cargo do mestre de obras, Diogo de Castilho, e do escultor Nicolau de Chanterene, tendo este último executado o retábulo da capela-mor. De finais do século XVI, mais concretamente em 1574 data a capela dos Reis Magos.
A Igreja de planta longitudinal apresenta um portal manuelino, em arco quebrado, com forte decoração naturalista. Na capela-mor destacamos a abóbada de nervuras estrelada suportada por mísulas, o retábulo renascentista do altar mór em pedra policromada, dividido em duas partes com figuras dispostas na bancada, no soco e nos frontões, e o acervo de túmulos, entre os quais se encontra o da fundadora deste convento, D. Brites de Menezes; na nave observamos o conjunto de estruturas tumulares tardo-góticas e renascentistas - à direita da porta de entrada podemos observar os túmulos de Aires Gomes da Silva e Gonçalo Gomes da Silva, executados pelo artista coimbrão, Diogo-Pires-o-Moço; em frente ao púlpito, num tratamento típico do gótico flamejante, encontra-se o belíssimo monumento funerário com estátua jacente, ornatos na face e um cortinado pétreo suspenso, de Fernão Teles de Menezes, realizado por Diogo Pires-o-Velho.
Anexa à nave encontra-se a capela dos Reis Magos com pórtico em arco redondo, envolvido por pilastras, colunelos, medalhões e com cobertura cupular assente em cornija circular. Salientamos, ainda nesta capela o retábulo com meias figuras de apóstolos, e nas paredes laterais os túmulos maneiristas, datados de c. de 1572, onde repousam as ossadas de Aires Gomes da Silva-o-Velho, e de D. Antónia de Vilhena e seu marido Diogo da Silva.
Comunicando com a sacristia - de abóbada de nervuras assente em mísulas - foi construído o claustro dentro da tipologia dos da renascença coimbrã.
Em finais da segunda metade de setecentos foi acrescentada a galilé e mais tarde, em 1860, um incêndio destruiu grande parte do convento.
Raquel Fraga

Decreto n.º 28 536, DG, I Série, n.º 66, de 22-03-1938 (classificou a Capela dos Reis, o retábulo do alter-mor, a sacristia, o claustro, a casa do capítulo e as adegas do Convento de São Marcos) (ver Decreto)
Decreto de 16-06-1910, DG, n.º 136, de 23-06-1910 (classificou a Igreja de São Marcos, compreendendo os túmulos dos Silvas) (classificou como MN) (ver Decreto)