A igreja de Santa Maria do Castelo foi construída na zona da alcáçova pelos Templários, provavelmente no século XIII. Ao longo do tempo sofreu várias vicissitudes: foi incendiada pelos espanhóis durante a Guerra da Independência, e reconstruída em 1704. Em 1807, durante as invasões francesas, após ter sido incendiada, foi reduzida a ruínas pelas tropas de Junot. Por estas razões a igreja que hoje se pode ver é obra da primeira metade do século XIX.
Surge como uma grande massa arquitectónica no recinto da alcáçova, tornando evidentes pelo exterior os volumes da capela-mor e da sacristia. A fachada principal e toda a decoração é sóbria, apenas animada por uma empena saliente, ondulada, e uma torre sineira lateral. Nas fachadas laterais rasgam-se grandes janelões rectangulares, que iluminam a nave. Tal como o exterior, o interior apresenta a mesma sobriedade: uma nave única, o tecto em madeira, nichos e altares colaterais vazios; encontra-se hoje completamente despida por não estar aberta ao culto.
Quando foi realizado o restauro já a igreja tinha perdido grande parte da sua importância, e as grandes dificuldades monetárias, documentalmente comprovadas, que se faziam sentir na altura, podem, certamente, explicar a simplicidade do novo traçado (ROXO, A. pp. 22-23). Esta zona da cidade foi também, progressivamente, perdendo a sua importância, devido ao crescimento da urbe.
A igreja primitiva tratava-se de um edifício de estilo românico com uma volumetria talvez idêntica à actual, onde sobressaía um portal de arco de volta perfeita com quatro aduelas suportadas por outras quatro colunas. No Tombo da Ordem de Cristo de 1753 (CARDOSO, J. R., p. 109), na descrição desta igreja ainda é mencionado este portal, bem como uma tribuna, à época já destruída, da qual os freires assistiam à missa. O acesso a esta tribuna fazia-se por uma porta travessa que comunicava com o paço da alcáçova. Na traça primitiva a igreja não tinha torre sineira já que o mesmo documento faz referência à existência de dois sinos pertença do templo - um original, outro já réplica do antigo - com a inscrição "Santa Maria ora pro nobis", os quais se encontravam na Torre do Sino: "...em uma torre pyramidal sobre a porta do castello, que foi arruinada pela entrada do inimigo" (CARDOSO, J. R. p. 109).
Estando parte das paredes exteriores do templo sem reboco apercebemo-nos que muito do material da primitiva igreja, constituído por grandes blocos de silharia, foi reaproveitado, nas sucessivas reconstruções. No entanto, na capela-mor e na fachada lateral norte podemos ainda observar restos da igreja românica. (LEITE, A. C. p. 36)
Na fachada lateral são visíveis duas pequenas frestas de iluminação, um renque de orifícios rectangulares para suporte de um alpendre de madeira, sobre o qual se abre uma porta em arco de volta perfeita, hoje entaipada, e os vestígios de um contraforte. Esta fachada está atulhada até à altura das mísulas da referida porta. A entrada lateral deve corresponder à porta de acesso à tribuna dos freires, já que era este lado da igreja que fazia fronteira com o pátio do paço. (LEITE, A. C. p. 36).
Em 1950, a igreja foi objecto de uma grande intervenção de restauro.
SML

Em 20-11-2015 foi dado conhecimento do despacho do diretor-geral da DGPC ao pároco de São Miguel da Sé
Em 11-11-2015 foi dado conhecimento do despacho do diretor-geral da DGPC à CM de Castelo Branco
Despacho de concordância de 20-10-2015 do diretor-geral da DGPC
Proposta de arquivamento de 3-06-2015 da DRC do Centro, por não ter valor nacional
Processo iniciado em 1991