A origem da Igreja das Virtudes relaciona-se com o episódio lendário de aparecimento de uma imagem de Nossa Senhora a um guardador de vacas, pelos inícios do século XV. Esse facto deu origem a uma romaria ao local, o que terá determinado a construção de um primitivo templo, presumivelmente em madeira e outros materiais perecíveis. Pouco tempo depois, no reinado de D. Duarte, e crescendo de importância o local e a devoção em torno dele, o rei ordenou que se construísse um convento franciscano anexo à ermida, empreendimento a que se seguiu a edificação de um hospital, estalagens e demais estruturas de apoio à comunidade e à verdadeira peregrinação que se generalizou ao longo do século XV (MARQUES, 1995, p.77).
De inquestionável importância durante toda a Idade Moderna, os séculos mais recentes assistiram ao abandono do conjunto, antecedido pela perda de relevância da simbólica mariana aqui celebrada, definitivamente em decadência a partir do século XIX. No início da década de 90 do século XX, quando se efectuaram escavações arqueológicas no monumento, este encontrava-se em ruínas, destelhado, com os portais entaipados e múltiplos sinais de degradação.
A planimetria geral do monumento é quatrocentista, assim como os seus portais. O principal é de arco apontado, de duas arquivoltas apoiadas sobre colunelos dotados de capitéis vegetalistas de recorte tardo-gótico. O portal lateral Sul é bastante mais simples, limitando-se a incorporar aduelas que formam o perfil apontado, não existindo impostas, capitéis ou arquivoltas. O interior é de nave única relativamente pequena, articulando-se com a capela-mor que é já posterior. Por estas características, comprova-se que o projecto quatrocentista deu origem a um monumento estilisticamente coerente mas destituído de rasgos artísticos de vanguarda, num processo que privilegiou a constituição de um edifício que servisse as funções básicas devocionais.
No século seguinte, continuando a crescer em importância o local, ter-se-á alargado a capela-mor e, mais importante, construiu-se uma capela (funerária?) do lado Sul (de planta quadrangular coberta por abóbada polinervada), que comunicava com a capela-mor através de um estreito corredor, aberto por portal ogival simples.
Bastante mais importantes foram as obras realizadas na primeira metade do século XVII. Uma inscrição de 1624 dá-nos uma datação aproximada para os melhoramentos então efectuados. Estes trabalhos incidiram sobre praticamente todas as parcelas do monumento, desde a fachada principal até à capela-mor. Naquela, refez-se a secção superior, com inclusão de dois janelões do coro e reconfiguração da empena, que passou a ostentar friso horizontal e nicho axial para a imagem do orago no tímpano. Nesta, prolongou-se a estrutura mais para nascente, prevendo certamente a inclusão de um retábulo de grande escala, ao mesmo tempo que se construíram os dois pequenos nichos-retábulos que ladeiam o arco triunfal.
O convento, apesar de ter sido destruído quase completamente, localizar-se-ia do lado Norte da igreja, onde ainda se conservam alguns restos estruturais, sendo de presumir que grande parte das estruturas estejam ainda soterradas, à semelhança do que se passava com algumas parcelas do próprio templo antes de iniciados os trabalhos arqueológicos.
PAF

A classificação como VC foi convertida para IM nos termos do n.º 2 do art.º 112.º da Lei n.º 107/2001, publicada no DR, I Série-A, N.º 209, de 8-09-2001
Decreto n.º 2/96, DR, I Série-B, n.º 56, de 6-03-1996 (ver Decreto)
Edital N.º 125/92 de 29-09-1992 da CM de Azambuja
Despacho de homologação de 3-08-1990 do Secretário de Estado da Cultura
Despacho de concordância de 13-07-1990 do presidente do IPPC
Parecer de 28-06-1990 do Conselho Consultivo do IPPC a propor que, face à proposta ser da CM de Azambuja e o imóvel se encontrar em estado avançado de ruína, o mesmo fosse classificado como VC
Em 9-01-1989 a CM de Azambuja enviou documentação para a instrução do processo de classificação
Proposta de classificação de 24-03-1980 da CM de Azambuja

Processo autónomo:
Despacho de concordância de 23-04-1980 do Secretário de Estado da Cultura
Parecer de 10-04-1980 da COISPCN a propor a não classificação do imóvel
Proposta de classificação de 19-03-1979 da CM de Azambuja, enviada à DGEMN