Originalmente dedicada a São Sebastião e matriz da freguesia, nos séculos XIII e XIV, foi palco, em 26 de Março de 1328, do casamento entre a Infanta D. Maria de Portugal (filha de D. Afonso IV) e de D. Afonso XI de Castela. A partir do século XVI tornou-se comenda da Ordem de Cristo e mais tarde Reitoria, com apresentação do Bispo. A ligação à Misericórdia é mais recente, uma vez que a instituição desta confraria em Alfaiates remonta, muito possivelmente, ao século XVII.
Trata-se de uma igreja da transição do românico para o gótico, datável dos séculos XIII/XIV, que se desenvolve em planta longitudinal, com nave única e capela-mor, mais baixa e estreita. A fachada principal, de remate em empena, é marcada pela abertura do portal, com três arquivoltas em arco de volta perfeita onde sobressaem as impostas decoradas por enxequetados. É sobrepujado por rosácea polilobada flanqueada por duas portas de verga recta, com varanda, que deveriam funcionar como uma espécie de púlpitos e que foram, certamente, abertas mais tarde. Do lado esquerdo, um passo da Paixão de Cristo. A sineira ergue-se do lado direito, no prolongamento do alçado principal.
As restantes fachadas caracterizam-se pela diferença de tratamento dos volumes correspondentes à nave e à capela-mor, e ainda ao primeiro terço da nave correspondente ao coro. Este último, apresenta aparelho regular, enquanto os restantes dois terços, num plano mais recuado, são percorridos por cornija assente sobre cachorrada de motivos fitomórficos, zoomórficos e antropomórficos, tal como a cabeceira. Na verdade, a zona do coro parece resultar de uma ampliação posterior, mas nada mais, além da observação directa, corrobora esta possibilidade.
No interior, com arco triunfal em ogiva, merece especial destaque um fragmento de pintura a fresco alusiva a Cristo Crucificado, e o retábulo-mor e colaterais, de talha dourada e policromada de forte influência neoclássica.
(Rosário Carvalho)

Decreto n.º 41 191, DG, I Série, n.º 162, de 18-07-1957 (ver Decreto)