O Crato foi reconquistado para o domínio cristão logo em 1160, embora o seu repovoamento tenha arrancado apenas a partir de 1232, quando D. Sancho II fez doação do local à Ordem dos Hospitalários (ou Ordem de São João de Jerusalém), mais tarde Ordem de Malta. Seguiu-se a construção do castelo, e, algumas décadas mais tarde, a atribuição do primeiro foral, dado pela Ordem (1270). O priorado do Crato, constituído em 1340 (com cavaleiros vindos de Leça do Bailio) constituiria a mais importante representação dos Hospitalários em Portugal, sendo a vila do Crato feita cabeça da Ordem em 1350, depois da Batalha do Salado.
A construção do castelo terá avançado ao longo do século XIV, como comprovam algumas cartas do rei D. Pedro, nas quais se faz referência aos trabalhos de construção de valas e barbacãs no Crato e na Amieira. Em 1430, sob o priorado de D. Frei Nunes de Góis, dá-se a reconstrução da fortaleza, incluindo a delimitação de um novo recinto amuralhado. No entanto, em 1439 - 1440 (a data do regresso da sede da Ordem ao Crato, após uma temporada na vizinha Flor da Rosa) as muralhas e o castelo são arrasadas pelas tropas do Infante D. Pedro, seguindo-se nova reconstrução do local. O prior dos Hospitalários havia acolhido a rainha viúva de D. Duarte, D. Leonor de Aragão, antes da sua partida para Castela, opondo-se às pretensões do regente.
Mais trabalhos no castelo ocorreram aquando da celebração do casamento de D. João III e D. Catarina da Áustria, nesse local, em 1525. O castelo do Crato já fora, de resto, palco do casamento de D. Manuel com D. Leonor de Castela, alguns anos após a outorga de foral novo por este monarca, em 1512. Tanto os casamentos régios como o foral manuelino são testemunhos privilegiados da importância e estado de conservação do castelo, à época. Porém, a intervenção mais marcante terá sido aquela que determinou a transformação do castelo medieval em fortaleza moderna, no século XVII, perante o panorama da Guerra da Restauração. A partir de 1642, avançaram as obras ordenadas por D. João IV; as muralhas foram reconstruídas, e ergueu-se um típico fortim de planta poligonal, disposta em estrela irregular de quatro pontas, ao contrário da arcaica planta trapezoidal que apresentava até então, com cinco torres nos ângulos (uma das quais a de menagem). Os muros foram guarnecidos de baluartes e casamatas, e adaptados à utilização de artilharia. No entanto, as obras ainda decorriam quando o castelo e a vila do Crato foram cercados pelas tropas de D. João da Áustria, em 1662. Os atacantes arrasaram o conjunto, e destruíram inclusivamente o cartório e arquivos da Ordem de Malta, designação da Ordem dos Hospitalários a partir de 1530. Das estruturas medievais e modernas, pouco ficou de pé e reconhecível. Para além de alguns trechos de muralhas, restou uma guarita, a cisterna, duas torres em ruínas, e algumas estruturas de suporte para as plataformas dos canhões. Da casa do governador do castelo ficaram apenas algumas arcadas.
O castelo pertenceu a particulares até 1989, data na qual foi adquirido pela Câmara Municipal, embora fosse imediatamente concessionado à Fundação do Castelo do Crato. A partir de 1992, a Fundação levou a cabo importantes obras de reabilitação do conjunto, destinadas a valorizar as ruínas, e a dinamizar o castelo como centro cultural e espaço de lazer. SML

Decreto n.º 28/82, DR, I Série, n.º 47, de 26-02-1982 (ver Decreto)