Comenda da Ordem de São Bento de Avis, que patrocinou a sua edificação por volta de 1424, e dependente da vila das Águias, tornou-se paroquial da nova povoação de Brotas em 1535. Para assinalar esta autonomia, o templo foi objecto de uma renovação nos anos seguintes. Ligada à construção da igreja de Nossa Senhora das Brotas está uma lenda relacionada com a aparição de Nossa Senhora com o Menino a um pastor que mandou edificar a igreja para aí ser venerada a imagem que o mesmo havia esculpido.
O desenvolvimento da devoção à Senhora das Brotas fez aumentar exponencialmente o número de peregrinos, sendo necessário construir, no século XVII, as casas que se anexam ao templo. Aqui estavam sediadas, também, várias confrarias, que foram patrocinando várias intervenções estéticas ao longo dos anos.
A fachada é antecedida por uma espécie de galilé, com dois registos, o primeiro dos quais aberto por arco abatido, ao centro, no eixo da entrada principal, de verga recta. Sobre este, uma varanda de esquema idêntico - arco central ladeado por vãos rectos -, mas revestido por azulejos de padrão seiscentistas, com um painel polícromo alusivo à lenda da fundação do templo. O alçado, tal como a torre, foi objecto de remodelação em meados do século XVIII, época a que remonta o frontão de volutas.
No interior, a nave é coberta por abóbada de canhão com pintura mural cuja execução deverá remontar 1785, conforme a data associada ao seu patrocinador, o arcebispo fr. D. Joaquim Xavier Botelho de Lima. Os panos murários encontram-se totalmente revestidos por azulejos de padrão polícromo do século XVII (curiosamente cinco padrões diferentes), obra de 1660 que se deve à confraria de Setúbal, conforme inscrição pintada nos azulejos. Estes, enquadram, sobre o arco triunfal uma representação a fresco do Calvário.
Na nave, destacam-se as capelas correspondentes ao transepto, cujo programa decorativo foi concebido a partir de 1720. A do lado do Evangelho, dedicada ao Santíssimo Sacramento, exibe um conjunto de painéis de azulejo historiados, datados de 1743 e patrocinados, conforme atesta a inscrição, pelo padre Romão Guerreiro de Brito. Os retábulos colaterais são joaninos e, na capela-mor, com abóbada de cruzaria de ogivas pintada, o retábulo-mor é mais tardio, de características já neoclássicas.
(RC)

Decreto n.º 40 684, DG, I Série, n.º 146, de 13-07-1956 (ver Decreto)