Muito embora tenha existido, neste local, um centro monástico de origem anterior, o antigo Mosteiro de São Miguel, à sombra do qual se desenvolveu a população de Refojos, foi, enquanto casa beneditina, contemporâneo da formação da nacionalidade. Na verdade, não se sabe qual a data da sua fundação, mas o primeiro documento conhecido, que refere a ordem de São Bento (uma carta de couto passada por D. Afonso Henriques), é de 1131, o que testemunha a sua existência nesse ano.
O período seguinte foi de crescimento, com o mosteiro a tornar-se "um verdadeiro latifundiário de terras e propriedades" (DIAS, 2002, p.63), seguindo-se, com a administração ruinosa dos abades comendatários, uma época de decadência, apenas superada, a partir de 1570, com a integração de Refojos na Congregação Beneditina Portuguesa. Foi com o regime dos abades trienais, cuja eleição era efectuada em Capítulo Geral, que o Mosteiro iniciou a sua recuperação económica, e também arquitectónica.
Deste período de obras, iniciado na primeira metade do século XVII, apenas resta o claustro, embora sem o chafariz. A igreja estava ainda a ser edificada em 1644, e a portaria ostenta o ano de 1690, muito possivelmente datando o seu término, o que coincide com o lançamento de uma outra campanha, barroca, que se iria prolongar pela centúria seguinte, remontando à segunda metade de Setecentos a sua época de maior fulgor.
A primeira pedra do novo mosteiro foi lançada no triénio de 1689-1702, mas a falta de documentação não permite saber quem foi o autor do seu risco, considerado magnífico por fontes da época (IDEM, p. 70). Este, desenvolve-se em torno do claustro, com um corpo em L e outro rectangular. O ano de 1703, inscrito no lintel da porta do Capítulo, deverá indicar a data da sua conclusão. Nos anos subsequentes, os trabalhos incidiram sobre o refeitório e a sacristia, cujo mobiliário ainda se conserva. Já o cruzeiro, fronteiro ao mosteiro, remonta a 1737.
A principal campanha de obras, que configurou a igreja tal como hoje a conhecemos - considerada a mais monumental da Ordem e a única com zimbório -, teve início em 1755, ano em que se lançou a primeira pedra do novo templo, e que, apesar das dificuldades de implementação, foi sagrado 16 anos mais tarde, em 1766. Não se conhece o autor do projecto, que tem vindo a ser imputado a André Soares (IDEM, p. 75), embora esta não se inscreva no conjunto de obras atribuídas a este arquitecto por Robert Smith.
A documentação e as datas inscritas no próprio edifício permitem acompanhar a evolução dos trabalhos, remontando o portal a 1763, e o zimbório e torres a 1761-64. A fachada, ladeada por duas torres que se elevam bem acima do frontão que remata o pano central, é aberta por um portal de planta côncava, formada pelas pilastras que o flanqueiam. No registo seguinte, um nicho exibe a imagem de São Miguel, enquanto no alçado das torres, os nichos acolhem São Bento e Santa Escolástica. O zimbório, apresenta uma varanda com 12 estátuas de Bispos e Pontífices, sendo rematado pela imagem de São Miguel Arcanjo, sobre a cúpula do lanternim, e no exterior há a destacar, ainda, a capela do Santíssimo, de planta octogonal, e de volume saliente em relação à massa do templo, bem como a varanda alpendrada da capela-mor.
De planta em cruz latina, com nave única coberta por abóbada de caixotões de granito, a talha é o elemento dominante deste interior, quer nos retábulos dos muitos altares, quer nas sanefas e outros elementos arquitectónicos que envolve. O seu desenho deve-se a frei José de Santo António Ferreira Vilaça, que durante o triénio de 1764-67 integrou o mosteiro, concebendo todo o conjunto, do qual destacamos o retábulo-mor, rococó, e o cadeiral do coro, cujos riscos recordam os de Tibães, onde o monge trabalhara antes.
Actualmente, e depois de muitas vicissitudes decorrentes da Extinção das Ordens Religiosas, em 1834, o mosteiro acolhe os serviços da Câmara Municipal e, na outra ala, o colégio.
(RCarvalho)

(A alteração da designação só acontecerá aquando da publicação do diploma)
Em 18-03-2019 foi dado conhecimento do despacho à CM de Cabeceiras de Basto
Despacho de concordância de 31-01-2019 da diretora-geral da DGPC
Parecer de 10-10-2018 da SPAA do Conselho Nacional de Cultura a propor que o assunto só deverá ser apreciado depois de concluída toda a recuperação em curso da responsabilidade da CM
Proposta de 2-10-2017 da DRC do Norte para a ampliação da classificação, a reclassificação como MN e a redenominação para "Mosteiro de São Miguel de Refojos"
Anúncio n.º 146/2015, DR, 2.ª série, n.º 107, de 3-06-2015 (ver Anúncio)
Despacho de abertura de 14-04-2015 do diretor-geral da DGPC
Proposta de 19-03-2015 da DRC do Norte para a abertura de procedimento de ampliação da classificação, de forma a abranger todos os espaços do mosteiro, interiores e exteriores, de reclassificação como MN e de redenominação para "Mosteiro de São Miguel de Refojos"
Requerimento de 6-10-2014 da CM de Cabeceiras de Basto para a reclassificação como MN
Decreto n.º 23 011, DG, I Série, n.º 197, de 31-08-1933 (classificou a "Igreja e sacristia do Convento de Refóios, assim como o teto de uma das salas do antigo mosteiro de frades beneditinos") (ver Decreto)