Fundado cerca de 1100, no Terreiro da Erva, o primitivo templo de Santa Justa foi doado à Ordem de Cluny por D. Maurício, bispo de Coimbra (também ele oriundo de Cluny), para que servisse de recolhimento e hospício aos monges franceses que chegassem à cidade. Após a expulsão dos monges cluniacenses, o mosteiro passou a colegiada e sede de paróquia, sendo doado aos Cónegos Regrantes em 1152 pela Coroa (GERVÁSIO, PEREIRA e SANTOS, 2009, p. 308).
Embora o complexo medieval tenha sofrido transformações e obras ao longo das centúrias seguintes, continuava a debater-se com o problema das cheias regulares do Mondego. Em 1708 as águas inundaram a igreja, provocando graves danos estruturais, o que obrigou ao abandono da colegiada. Desta forma, em 1710 iniciou-se a edificação de um novo templo dedicado também a Santa Justa, situado na Rua da Sofia.
Sagrada em 1724, esta nova igreja de tipologia barroca integra elementos do templo primitivo, nomeadamente a imponente fachada maneirista, de estrutura retabular, rasgada por um conjunto de janelões e ladeada por duas grandes torres sineiras. O conjunto integra esculturas em pedra de São Francisco, Santa Rufina, Santa Justa e um Santo Bispo (Idem, ibidem, p. 317).
A planta, longitudinal, é composta por nave, capela-mor, sacristia e anexos. O espaço único da nave, dividido em tramos por pilastras, é precedido pelo coro-alto. No interior destacam-se os retábulos laterais de gosto rococó e joanino, policromos e de talha dourada, e o exuberante retábulo-mor, em talha joanina, que alberga as imagens do Padre Eterno e das santas Justa e Rufina.
Em 1854 a paróquia de Santa Justa foi extinta e anexada à de Santa Cruz, e 12 anos depois perdeu o estatuto de colegiada. Na primeira metade do século XX, devido a infiltrações, era evidente o mau estado de conservação do templo, pelo que foram efectuadas pela DGEMN obras de reparação da estrutura. Em 1943 o espaço foi entregue pelo Bispo de Coimbra aos Frades Capuchinhos para que aí exercessem culto, e três anos mais tarde iniciou-se a construção da residência destes religiosos, anexa à igreja. Em 2008, a Ordem dos Frades Capuchinhos encerrou a casa de Coimbra, deixando em definitivo o espaço.
Catarina Oliveira
DIDA/ IGESPAR,I.P./ Setembro de 2010

Portaria n.º 740-AA/2012, DR, 2.ª série, n.º 248 (suplemento), de 24-12-2012 (ver Portaria)
Relatório final do procedimento aprovado por despacho de 22-10-2012 do diretor-geral da DGPC
Procedimento prorrogado até 31-12-2012 pelo Decreto-Lei n.º 115/2011, DR, 1.ª série, n.º 232, de 5-12-2011 (ver Diploma)
Anúncio n.º 16670/2011, DR, 2.ª série, n.º 218, de 14-11-2011 (ver Anúncio)
Despacho de concordância de 10-10-2011 do diretor do IGESPAR, I.P.
Parecer de 10-10-2011 da SPAA do Conselho Nacional de Cultura a propor a classificação como MIP
Procedimento prorrogado pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30-12-2010 (ver Despacho)
Proposta de 5-06-2009 da DRC do Centro para a classificação como IIP
Edital N.º 87/2008 de 19-05-2008 da CM de Coimbra
Despacho de abertura de 18-02-2008 da subdirectora do IGESPAR, I.P.
Proposta de 8-01-2008 da DRC do Centro para a abertura do procedimento de classificação