A Rua da Sofia, da palavra grega para Ciência ou Sabedoria, consolidou definitivamente a cidade de Coimbra como centro cultural e pólo universitário nacional. Foi rasgada em 1535, como artéria de invulgar amplitude e regularidade para a época, configurando provavelmente uma das maiores ruas da Europa coeva. A Rua da Sofia destacava-se entre a malha apertada e sinuosa das ruelas e becos envolventes, destinando-se a abrigar, desde o primeiro momento, os colégios da Universidade, que D. João III fazia regressar a Coimbra, instalando os edifícios principais no Paço Real. Esta nova e monumental estrutura urbana conferia uma simbólica muito particular à instalação das escolas, realizada a partir de 1537; deste então, e até à actualidade, a história e a vida da cidade permaneceram intimamente ligadas à Universidade. No entanto, e apesar do dinamismo que esta estrutura criou e sustentou, a Rua da Sofia permaneceu durante séculos relativamente afastada dos ritmos urbanos tradicionais, como verdadeira "cidade universitária" e rua nobre, em torno da qual se mantinha um bairro ocupado por estudantes, e aberta ao comércio vulgar apenas a partir do século XIX .
Na Rua da Sofia foram erguidos sete colégios, com as suas igrejas: os colégios do Carmo, da Graça, de São Pedro, de São Tomás, de São Bernardo e de São Boaventura, e ainda o Colégio das Artes. Convivia com estes edifícios o Convento de São Domingos, o Palácio da Inquisição, e mais tarde a Igreja de Santa Justa, templo já setecentista.
O Colégio do Carmo (MN) foi construído a partir de 1540, tendo a igreja ficado concluída em 1597 e o claustro em 1600. Dos edifícios quinhentistas e seiscentistas subsiste apenas uma parte, bem como a igreja, sendo o conjunto hoje ocupado pela Ordem Terceira de S. Francisco, que lhe introduziu consideráveis alterações no século XIX.
O Colégio da Graça (MN) foi fundado em 1543 e incorporado na Universidade em 1549, recebendo então um projecto da autoria do arquitecto Diogo de Castilho, que aqui estabeleceu o esquema dos restantes colégios de Coimbra, integrando um erudito receituário de modelos clássicos. O edifício foi ocupado por um quartel militar, já retirado, mas cuja permanência implicou uma série de construções modernas, desvirtuando as características arquitectónicas e as funcionalidades originais.
Os Colégios de São Pedro e São Tomás possuem actualmente valências muito diversas, sendo este último a sede do Palácio da Justiça, depois de ter servido como moradia nobre; o seu portal principal (MN), riscado igualmente por Castilho, está no Museu Machado de Castro. Do Colégio de São Boaventura resta a igreja, sem afectação ao culto, e hoje propriedade particular. O que resta do Colégio de S. Bernardo, particularmente os claustros, está ocupado por casas particulares, embora parte da cerca pertença à Câmara. O Colégio das Artes encontra-se em recuperação, integrando um Centro de Artes Visuais.
O Convento de São Domingos (MN), edifício quinhentista destinado a substituir a primitiva casa fundada pelas infantas D. Branca e D. Teresa no século XII, é hoje um espaço inteiramente descaracterizado, onde funcionam galerias comerciais. Este imponente edifício foi traçado pelo arquitecto e engenheiro militar Isidoro de Almeida, introduzindo alterações importantes em relação ao modelo castilhano, embora a igreja nunca chegasse a ser terminada.
Desvirtuada que está a maior parte do seu património edificado, incluindo o importante e coeso núcleo colegial, bem como as casas religiosas e algumas habitações nobres, a Rua da Sofia vale particularmente pelo conjunto de soluções urbanísticas e inovações arquitectónicas que implicou, particularmente nos séculos XVI e XVII. Ressalva-se naturalmente a emblemática funcionalidade académica, a modernidade representada pela centralização dos colégios, e a adequação dos modelos arquitectónicos clássicos à reforma do ensino proposta por D. João III, entre outras importantes propostas. SML

Decreto n.º 516/71, DG, I Série, n.º 274, de 22-11-1971 (ver Decreto)