A origem da Igreja Matriz de Alte, ou de Nossa Senhora da Conceição, remonta aos primeiros tempos de instalação dos reconquistadores do Algarve, em pleno século XIII. Pelo final da centúria, consta que D. Bona, mulher de Garcia Mendes de Ribadaneyra, que então detinha os direitos sobre a vila, fundou um primeiro templo, "em acção de graças por seu esposo ter regressado da oitava cruzada" (RAPOSO, 1995, p.134). Tratava-se, com grande probabilidade de uma simples capela privada de devoção, e não de uma igreja paroquial, como o monumento que hoje vemos.
A evolução desta pequena ermida a templo tutelar da vila deu-se na viragem para o século XVI. Em 1518, numa das Visitações da Ordem de Santiago ao local, refere-se que a igreja se está fazendo, claro indicador de que o edifício se encontrava em obras. No entanto, ela só será referida como Igreja Matriz de Alte em 1554, fazendo crer que as obras teriam terminado há muito pouco tempo, ou que se encontravam praticamente finalizadas (LAMEIRA, SERRA, s.d.). A história da evolução do imóvel não é conhecida, uma vez que, até agora, não se identificou qualquer elemento da primitiva construção gótica. O templo que hoje subsiste é uma construção típica do ciclo manuelino tardio, que tão singularmente caracteriza o território algavio nas duas ou três décadas que antecederam o meado do século XVI. Corpo de três naves, de quatro tramos separados por amplos arcos, e cabeceira de capela-mor única, rectangular e com abóbada estrelada, são características comuns a outros templos erguidos na província durante aqueles anos, e cuja homogeneidade programática permitiu já a individualização de algumas igrejas num grupo estilístico essencialmente rural, e a Norte de Faro (HORTA CORREIA).
São vários os elementos manuelinos que ainda se conservam no templo. Para além da estrutura interna do corpo e da cabeceira, que se manteve praticamente inalterada até hoje, permanece o portal principal, relativamente modesto, de arco abatido envolvido por um outro, contracurvado, definido por duas arquivoltas profusamente decoradas.
A segunda grande campanha de obras da Matriz de Alte deu-se nos períodos barroco e rococó, numa ampla cronologia que abrange todo o século XVIII. Nessa altura, actualizou-se esteticamente o interior do templo, engrandecendo-o, então, com numerosos retábulos e painéis de azulejos. O mais antigo retábulo é o que ornamenta a capela de Nossa Senhora do Monte do Carmo, construído entre 1735 e 1751, obra ainda conotada com o Barroco pleno do reinado de D. João V, mas onde o formulário rococó começa já a despontar, pela presença de fustes compósitos das colunas, por exemplo.
Em 1755, a igreja foi duramente afectada pelo terramoto, procedendo-se, então, a um parcial e apressada reconstrução. O produto final revela bem a conjuntura artística desta campanha, executada demasiado à pressa para ser estilisticamente relevante. Esta impressão é reforçada pela análise à esmagadora maioria dos retábulos do interior: realizados por uma modesta oficina de retabulária, activa no Algarve na segunda metade do século XVIII, são destituídos de colunas e da monumentalidade própria deste tipo de peças artísticas, sendo a sugestão de exuberância proporcionada pelo prolongamento artificial da decoração, pelos arcos da capela.
No domínio da azulejaria, destacam-se os painéis das paredes da capela-mor, com padrões figurativos e vegetalistas e composições de anjos músicos e serafins.
No século XIX, uma última campanha de obras caracterizou o edifício, como se testemunha por uma lápide colocada junto ao portal principal. Nessa fachada poente, procedeu-se à construção de uma nova empena, cuja simetria deliberadamente buscada, pela abertura de duas janelas elípticas nas extremidades e a ladear um janelão axial, maior, não disfarça o claro empirismo da campanha, testemunhado na forçada curvatura da empena triangular, que passou a estar elevada praticamente à mesma altura que a torre sineira.
PAF

Portaria n.º 616/2013, DR, 2.ª série, n.º 182, de 20-09-2013 (ver Portaria)
Procedimento (indevidamente) prorrogado até 31-12-2011 pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30 de Dezembro (ver Diploma)
Despacho de homologação de 26-05-2003 do Ministro da Cultura
Parecer de 7-05-2003 do Conselho Consultivo do IPPAR a propor a classificação como IIP
Despacho de abertura de 24-02-1999 do vice-presidente do IPPAR
Proposta de abertura de 22-02-1999 da DR de Faro
Proposta de classificação de 6-10-1997 da CM de Loulé