A Igreja de Nossa Senhora da Conceição do Colégio jesuíta de Santarém foi construída a partir da década de 20 do século XVII, com projecto do Arquitecto Mateus do Couto, cujo nome está documentalmente associado a esta empresa num alvará de D. João IV datado de 1647. Vinte anos depois, este mesmo arquitecto é ainda o responsável pelas obras do Colégio, mas a partir daqui o projecto sofre algumas mudanças significativas.
Em 1673, o Geral da Companhia, em Roma, alterou o rumo das obras, suprimindo-se então o remate da fachada com duas torres, à semelhança do que acontecia com o Colégio Jesuítico de Coimbra, e optando-se por um outro coroamento, menos austero mas igualmente majestoso, como o prova o amplo frontão quadrangular que encima axialmente a fachada, ladeado pelas soluções de volutas, uma solução que adquire enorme impacto cenográfico face à ampla praça fronteira.
A conclusão da igreja aconteceu já no século XVIII, mais concretamente em 1711, data que foi inscrita na fachada. A partir daqui procedeu-se ao engrandecimento do interior, sucedendo-se numerosas campanhas artísticas de pintura, escultura e artes aplicadas. Dessa mesma década data o retábulo-mor, obra executada por entalhadores lisboetas a partir de um projecto de Carlos Garvo. Dez anos depois concluiu-se o notável tecto perspectivado, campanha de grande envergadura atribuída a uma parceria de pintores escalabitanos e outros com formação em Lisboa. Até 1759, data da expulsão dos Jesuítas, instituiram-se várias capelas de devoção, por alguns dos mais importantes nomes escalabitanos.
Durante a segunda metade do século XVIII os edifícios do Colégio serviram diversos fins, aí instalando-se o Seminário Patriarcal de Santarém, passando então a designar-se por Igreja do Seminário, nome pelo qual ficou conhecida até hoje. Apesar das trasnformações introduzidas nos séculos XIX e XX, a igreja mantém as características essenciais da arquitectura jesuítica: fachada cenográfica e imponente; nave única bastante ampla, com janelas tribunas e tecto pintado em perspectiva...
Elevada a Sé Catedral em 1975, as obras mais recentes que se efectuaram privilegiaram a reconstrução das coberturas, o restauro de diversas obras de pintura e de escultura, bem como obras gerais de conservação, campanha levada a cabo pelo IPPAR entre 1994 e 1995.

Decreto n.º 3 027, DG, I Série, n.º 38, de 14-03-1917 (ver Decreto)