Estes vestígios referem-se aos paços medievais, manuelinos e maneiristas que se encontram incorporados na própria estrutura do castelo, bem como no edifício do Seminário jesuita, já num segundo período. Como consequência, estes vestígios, de carácter civil e residencial, apresentam elementos que denunciam os diversos períodos da sua utilização: gótico - durante o qual se construíram os novos paços perto da "Porta de Leiria" -, manuelino - com campanhas de melhoramento de algumas das suas casas, torres e troços de muralha -, maneirista - com a doação, por parte de D. João IV, dos paços à Companhia de Jesus, para neles instalarem um colégio e paço, ao mesmo tempo que se construiu uma aposentadoria real -, e barroco, quando o imóvel passou, definitivamente, para a diocese de Santarém, após a extinção da Companhia de Jesus. (CUSTÓDIO, J., 1996, p. 90)

De todos estes períodos, chegaram até nós unicamente vestígios de três deles. Assim, do medieval podemos visualizar as portas do paço e do castelo - ou Alcáçova nova -, em arco quebrado de arestas chanfradas e quatro frestas, situadas na primitiva torre de menagem - , assim como um espaço rectangular, correspondente ao piso inferior localizado abaixo do corredor nobre e seus quartos anexos, e caracterizado pela abertura de três frestas nas suas paredes, os seus cinco tramos e três alas com abóbadas de aresta colocadas sobre pilares quadrangulares.

Do período que medeia entre o final do anterior e o início de seiscentos, subsistem quatro tramos quadrangulares, cobertos por abóbadas de cruzaria com nervuras chanfradas e assentes sobre mísulas de ábaco prismático, apresentando elementos decorativos de inspiração vegetalista, para além de um lanço de claustro, com arcos de volta perfeita e perpendiculares aos quatro tramos quadrados. Para além destes vestígios manuelinos, existe um pátio interior com cisterna, as fundações que serviram de cripta à própria igreja, para além de alguns elementos arquitectónicos que foram reaproveitados, como nos casos da porta de arestas chanfradas, localizada junto à ante-sacristia. (CUSTÓDIO, J., 1996, p. 90)

Quanto ao paço seiscentista, podemos ver um corredor, ao longo do qual se construíram os quinze quartos pertencentes à aposentadoria real, além de uma escadaria monumental, através da qual se acedia a esta última zona. Subsistem, ainda, deste período, o refeitório e um lambril de azulejo, executado a azul e branco, decorado com cenas de caçada, portuárias, etc. (CUSTÓDIO, J., 1996, p. 91).
[AMartins]

Decreto n.º 11 445 (art.º 119.º), de 13-02 1924, inserido na coleção do 1.º Semestre de 1926 (converteu a classificação para IIP) (ver Decreto)
Decreto n.º 3 027, DG, I Série, n.º 38, de 14-03-1917 (classificou como edifício de valor artístico e arqueológico) (ver Decreto)