Desconhece-se, ainda, quando foi fundada a comunidade franciscana de Estremoz. A opinião mais consensual é a que situa esse facto pelos reinados de D. Sancho II ou D. Afonso III, um dos períodos de maior tensão no nascente reino de Portugal. Mais seguro é a intervenção da rainha D. Beatriz, mulher de Afonso III, na construção da igreja do convento, como se depreende pela inclusão das suas armas na chave de abóbada do cruzeiro. Em 1255 já o edifício devia estar minimamente definido, uma vez que data desse ano o primeiro enterramento no claustro, do cavaleiro Nuno Martins.
Desse período de vida da comunidade restam abundantes vestígios materiais, em particular o corpo do templo, que obedece ao esquema mendicante vigente em Portugal nesse século XIII e que tanto marcou a arquitectura religiosa gótica nacional. Três longas naves escalonadas, cobertas com tecto de madeira e suportadas por arcos formeiros de perfil apontado marcam simetricamente o espaço. Paralelamente, abre-se um clerestório ao nível das enjuntas dos arcos e os suportes contêm capitéis de um vegetalismo ainda esquemático, com grandes espaços do campo escultórico por preencher. A cabeceira, para além da estrutura do transepto, conserva os absidíolos góticos, com abóbadas de cruzaria de ogivas, de nervuras e cadeia central, estruturalmente desproporcionadas em relação ao exíguo espaço que pretendem cobrir.
Ainda do período gótico é o túmulo de D. Vasco Esteves Gatuz, cavaleiro de D. Afonso III falecido em 1363 e senhor de Sousel. Em monumental trabalho escultórico, o nobre é retratado em posição majestática, pronto para ressuscitar no dia do Juízo Final e desembainhar a espada para imediatamente lutar em nome da Cristandade. É amparado por um anjo e por um fiel lebreu, aos pés. Na face maior da arca ilustra-se uma cena de caçada, iconografia tipicamente nacional destinada a glorificar o carácter nobre do tumulado. Pensa-se que o monumento funerário foi mandado fazer pela sua viúva, D. Margarida Vicente, que instituiu capela no interior do convento e que também aí se fez sepultar. O túmulo foi concebido para uma edícula contígua à capela de Santo António, onde permaneceu até 1760, ano em que foi trasladado para o actual local, no segundo tramo da nave lateral Sul.
Desde o reinado de D. Manuel até à segunda metade do século XVIII o conjunto foi objecto de múltiplas reformas artísticas, que lhe conferem o aspecto híbrido em termos estilísticos. A mais importante obra de Quinhentos é a Capela de D. Fradique de Portugal (objecto de classificação autónoma), mas outros elementos subsistem, como o púlpito e o cruzeiro do adro da igreja.
Bastante mais importantes foram as obras da segunda metade do século XVII, iniciadas por Fr. Jerónimo do Rosário. Na primeira etapa construiu-se o coro-alto, estrutura que ocupa o primeiro tramo das naves e que é suportada por abóbadas quase planas, de nervuras com o símbolo da Ordem de Cristo. De 1652 é a capela de Nossa Senhora do Rosário, onde se observa uma impressionante figuração escultórica consagrada à Árvore de Jessé, obra do reinado de D. João IV, em talha dourada e com inclusão de algumas esculturas já do século XVIII. Em 1666 edificou-se a capela de Nossa Senhora do Amparo, com retábulo posterior (de c. 1720) e, do final do século é o retábulo de Santo António (com obra de douramento já setecentista). Pouco depois, entre 1700 e 1705 edificou-se o actual retábulo-mor de talha dourada e, algumas décadas mais tarde, o absidíolo Sul foi transformado em Capela do Santíssimo Sacramento. O grande projecto barroco foi concluído já sob o signo do Neoclássico, por volta de 1770, com a reconstrução integral da nova fachada principal.
Em 1834, o convento foi extinto, dando-se início à separação entre a igreja (que ficou à guarda da Irmandade de São Francisco) e a área conventual (entregue ao exército). Passados mais de século e meio sobre a lei dos mata-frades, esta diferenciação ainda se mantém.
PAF

Decreto n.º 9 842, DG, I Série, n.º 137, de 20-06-1924 (classificou a igreja) (ver Decreto)
Decreto n.º 8 228, DG, I Série, n.º 133, de 4-07-1922 (classificou o túmulo de Esteves da Gata) (ver Decreto)