Desde as origens que Mértola teve importantes condições de defesa, implantando-se num alto rochosos na confluência da Ribeira de Oeiras com o rio Guadiana. Os inícios da fortificação encontram-se na época islâmica, período em que a cidade foi um importante porto fluvial entre Mérida e o Atlântico. Não obstante equacionar-se uma primitiva muralha tardo-romana (TORRES e outros, 1991, p.13), só no século IX encontramos as primeiras notícias documentais acerca da relevância militar da cidade, numa conjuntura de revolta de alguns senhores locais contra Córdova.
É de presumir que a grande campanha construtiva militar tenha acontecido durante o Califado omíada (930-1031), época de maior centralização estatal e de notáveis avanços no domínio da guerra por parte do Islão peninsular. Nas décadas de 30 e 40 do século XI, Mértola foi uma efémera capital taifa, conquistada pelo vizinho reino de Sevilha, em 1044. Um século depois, durante nova fragmentação do bloco islâmico peninsular, a cidade proclamou-se uma vez mais independente. Nesta altura, é de admitir que tenham existido melhoramentos no sistema militar, pois a "excelência das suas fortificações" não passou despercebida ao geógrafo Edrisi (IDEM, p.15).
Mas foi no final do século XII, no contexto da reacção almóada face ao avanço cristão, que se conhecem referências mais concretas ao castelo, com a construção de uma torre, muito provavelmente, da cisterna e, ainda, a feição geral da entrada no recinto (com arco ultrapassado que daria acesso a um corredor em cotovelo), bem como de parte do torreão cilíndrico que se lhe adossa (IDEM, p.16).
No entanto, terá sido uma "população (...) francamente empobrecida", sem meios de defesa adequados, que os cavaleiros de Santiago encontraram em 1238, altura em que conquistaram Mértola (BOIÇA e BARROS, 2001, p.579, contra opinião de TORRES e outros, 1991, p.17). A importância militar do local, com natural ligação ao Algarve, fez com que os Espatários escolhessem a cidade como sede da Ordem em Portugal, estatuto que manteve até 1316. Durante este período, dois factos importantes aconteceram: em 1254, D. Paio Peres Correia passou foral; de 1292 é uma inscrição que dá conta da construção da torre de menagem, por patrocínio de D. João Fernandes, mestre santiaguista.
O ano de 1292 tem servido para datar genericamente a obra gótica do castelo e deve inserir-se no "processo de autonomização do ramo português da Ordem de Santiago, alcançada e ratificada nos anos de 1288 e 1290" (IDEM, 2001, p.579). Apesar das múltiplas transformações por que passou, é ainda possível reconstituir a sua estrutura básica, reveladora de uma racionalização arquitectónica e espacial característica dos anos do Gótico.
A fortaleza é de planta quadrangular, ligeiramente trapezoidal, com ângulos defendidos por torres. A principal é a Torre de Menagem, que se eleva a quase 30 metros de altura. A sua implantação na face mais desnivelada do conjunto, obrigou a que o primeiro piso fosse "um robusto e elevado embasamento" (IDEM, p.580), sobre o qual se elevam dois andares: o primeiro, com acesso a partir do adarve, pela porta gótica sobrepujada pela inscrição de 1292, tem tecto de cruzaria de ogivas de oito tramos, possuía lareira e era iluminado por três frestas; o andar superior, muito transformado, deveria ter servido de residência, mas não restam vestígios dessa função. No extremo ocidental, situava-se a Torre da Carocha que, como o nome indica, terá desempenhado funções de prisão (IDEM, p.583). A entrada, voltada à vila, era feita por um corredor em cotovelo, com duas portas, e era defendida por torreões circulares.
Sem grandes alterações nos séculos seguintes (à excepção da casa do alcaide, edificada nos finais do século XV e que ocupou toda a muralha Norte), o castelo perdeu a sua função estratégica no século XVIII e entrou em decadência, travada apenas pelo restauro de 1948-50 e pelas mais recentes iniciativas de reconversão museológica.
PAF

Decreto n.º 38 147, DG, I Série, n.º 4, de 5-01-1951 (revogou a anterior classificação e classificou como MN) (ver Decreto)
Decreto n.º 32 973, DG, I Série n.º 175, de 18-08-1943 (classificou como IIP) (ver Decreto)