Nos últimos anos foi possível chegar a conclusões mais precisas a respeito da fundação do mosteiro. A tendência actual é para rejeitar as opiniões que situam a instituição da comunidade pelo século IX, em benefício de uma cronologia a rondar a década de 40 do século XII. "Efectivamente, a primeira referência segura de que dispomos (...) é uma inscrição gravada na face exterior da parede Norte da Nave, (...) onde se pode ler: Era Mª Cª 2 XXXVª", data que, pelo calendário gregoriano, corresponde ao ano de 1147. "Pela sua cronologia e implantação", este letreiro deve estar relacionado com "algum evento de particular relevância para a comunidade", eventualmente a "Sagração ou Dedicação do templo de Santa Maria das Júnias" (BARROCA, 1994, pp.419-420).
Desse primeiro período conservam-se importantes vestígios românicos, em particular na nave rectangular, que é decorada interiormente por frisos com figurações em pontas de lança. No exterior, as peças mais importantes desta fase são os dois portais (axial e laterais), cuja ornamentação obedece às determinantes artísticas experimentadas em torno da Sé de Braga ainda na primeira metade do século XII. O portal ocidental é de arco de volta perfeita, de duas arquivoltas (a exterior ornamentada com o tema das pontas de lança e realçada por moldura) que repousam em impostas decoradas com motivos geométricos, do tipo de corações invertidos. O tímpano é vazado, ao centro, por cruz de braços iguais, inserida em círculo, sobre lintel de decoração vegetalista estilizada. Os portais laterais, apesar de parcialmente mutilados na zona do lintel, ainda conservam importantes parcelas românicas, como o tímpano, de cruz vazada.
Algum tempo depois de terminada a igreja, deve-se ter edificado o claustro. Este revela já "tendências góticas, embora socorrendo-se ainda de arcos de volta perfeita" (IDEM, p.427). O que resta do conjunto claustral (apenas o ângulo Nordeste) é insuficiente para uma mais rigorosa catalogação desta parcela, mas é de supor que tenha sido edificado na primeira metade do século XIII, recorrendo a uma decoração já essencialmente vegetalista.
Pelos meados dessa centúria, a comunidade beneditina abraçou outra regra monástica, a de Cister. Apesar das evidentes diferenças, não consta que se tenham realizado grandes obras de adaptação, pelo menos no espaço religioso. A implantação do mosteiro respondia, de igual modo, aos anseios dos cistercienses, com extremo isolamento da comunidade e um aro rural para trabalhar, onde a água era um valor determinante. É de presumir que as dependências monásticas, localizadas a Norte da igreja, tenham sido intervencionadas, mas pouco mais podemos adiantar, até porque toda esta zona foi reconstruída na época moderna. A capela-mor original foi alteada no final da Idade Média, em virtude de o local onde o mosteiro havia sido construído apresentar um forte assoreamento. O arco triunfal foi também mexido nessa altura, datando presumivelmente do século XV a decoração de esferas que ornamenta as suas impostas.
Nos inícios de Quinhentos, o conjunto deve ter atravessado um período de acentuada crise, cujo resultado foi o abandono da comunidade. Em 1533, porém, com a visita do abade de Claraval, D. Edme de Saulieu, o mosteiro foi reactivado, realizando-se, então, as dependências a Norte da igreja, algumas das quais com dois andares, que ainda hoje se conservam. A edificação deste complexo deve ter sido lenta, uma vez que ainda se documentam obras no século XVIII.
O isolamento e a escassez de recursos económicos, todavia, nunca terão permitido grande desafogo por parte dos monges. Em 1834, o mosteiro foi extinto e as suas dependências foram aproveitadas pelos habitantes de Pitões para os mais diversos fins, convertendo-se a sua igreja em paroquial. Parcialmente intervencionado pela DGEMN, em 1981, não foi, até agora, possível definir um plano coerente de valorização e reconversão funcional, apesar dos vários estudos já consagrados ao edifício.
PAF

Decreto n.º 37 728, DG, I Série, n.º 4, de 5-01-1950 (ver Decreto)