Os problemas registados no Mosteiro de Santa Clara-a-Velha e a crescente insalubridade verificada nesse mesmo espaço, tiveram como consequência a construção de um novo mosteiro, cuja primeira pedra foi lançada a 3 de Julho de 1649. Este complexo conventual só estaria parcialmente concluído em 1696, data da sagração do templo, pois as obras do claustro, portaria e aqueduto continuaram até ao final do século XVIII (BORGES, 1987, p. 74). Muito embora o corpo da Rainha Santa tenha sido trasladado para a igreja, e o seu túmulo - uma das peças mais significativas do conjunto, executado por mestre Pero c. de 1330 -, se encontre no coro baixo da mesma, o mosteiro manteve a anterior invocação a Santa Clara.
A planta deste edifício foi traçada por Frei João Turriano (engenheiro-mor do Reino e lente de Matemática na Universidade de Coimbra), e as obras de construção do templo dirigidas por Mateus do Couto, arquitecto régio que terá mantido, de uma forma genérica, o projecto inicial.
Implantado no denominado Monte da Esperança, cuja localização ao mesmo nível da cidade de Coimbra permite uma vista privilegiada sobre a mesma, o mosteiro segue a linha de cume, o que deixa antever a sua organização volumétrica: "para a direita, em direcção a norte, alonga-se o extenso corpo do dormitório; ao centro ergue-se a parte da igreja e dos coros, ficando para trás o claustro e na sua ala norte, perpendicular à linha da frontaria do edifício, o refeitório e a cozinha; para a esquerda, a parte civil, conhecida por hospedarias" (GONÇALVES, CORREIA, 1947).
A planimetria simplificada e a preferência por linhas rectas, inscrevem o edifício ainda numa corrente maneirista, em que o portal da igreja e a fachada da portaria são já barrocos. Esta última foi desenhada por Carlos Mardel em 1761 e construída por Gaspar Ferreira. No interior do templo, destacam-se os catorze retábulos de talha dourada, nomeadamente o principal, de estilo nacional "(...) habilmente concebido para receber o trono eucarístico e o túmulo de prata da Rainha Santa" (BORGES, 1987, p. 74), que foi encomendado por D. Afonso de Castelo Branco em 1614, e executado pelo entalhador Domingos Lopes, com a colaboração de Manuel Moreira (BORGES, 2003). A imagem de Santa Isabel é da autoria de Teixeira Lopes e resulta de uma encomenda da Rainha D. Amélia. A nave, rectangular, divide-se em cinco tramos separados por pilastras dóricas que enquadram os retábulos com motivos franciscanos ou relatos da história de Santa Isabel, delineados por Mateus do Couto, e executados por António Gomes e Domingos Nunes em 1692.
Perto do coro, encontram-se dois túmulos góticos da Infanta D. Isabel (filha de D. Afonso V) e de uma das filhas de D. Pedro, duque de Coimbra. Já no coro alto, sobressaí o cadeiral de dois andares com pinturas de santos franciscanos nos espaldares, que remonta à primeira metade do século XVII; bem como diversos retábulos oriundos do antigo convento.
Pelas suas dimensões, o claustro assume-se como um verdadeiro claustro real (BORGES, 1987, p. 75). O seu traçado, tradicionalmente atribuído a Carlos Mardel (PEREIRA, 1995, p. 159), revela inspiração em modelos eruditos e austeros do maneirismo, tendo sido alvo de uma campanha decorativa dirigida por Gaspar Ferreira em 1737 (BORGES, 1987, p. 75). No entanto, outros autores defendem que apenas o piso superior do claustro é atribuível a Mardel, sendo que o piso inferior teria sido concebido por Manuel do Couto e Custódio Vieira (BONIFÁCIO, 1990).
Com a extinção das Ordens Religiosas, as dependências conventuais foram ocupadas pelo Exército - Batalhão de Serviços de Saúde - e pelo Museu Militar.
(Rosário Carvalho)

Decreto n.º 31-A/2012, DR, 1.ª série, n.º 252 (suplemento), de 31-12-2012 (ampliou a área classificada e alterou a designação para "Mosteiro de Santa Clara-a-Nova") (ver Decreto)
Procedimento prorrogado até 31-12-2012 pelo Decreto-Lei n.º 115/2011, DR, 1.ª série, n.º 232, de 5-12-2011 (ver Diploma)
Despacho de homologação de 30-12-2010 do Secretário de Estado da Cultura
Procedimento prorrogado até 31-12-2011 pelo Despacho n.º 19338/2010, DR, 2.ª série, n.º 252, de 30-12-2010 (ver Despacho)
Edital N.º 119/2008 de 15-07-2008 da CM de Coimbra
Despacho de abertura (ampliação) de 6-02-2008 do director do IGESPAR, I.P.
Parecer favorável de 6-02-2008 do Conselho Consultivo do IGESPAR, I.P.
Proposta de 14-11-2006 da DR de Coimbra do IPPAR para a ampliação da classificação
Decreto de 20-05-1911, DG, n.º 119, de 23-05-1911 (determinou que a classificação compreende não só o túmulo mas ainda o claustro e coros)
(ver Decreto)
Decreto de 16-06-1910, DG, n.º 136, de 23-06-1910 (classificou o Mosteiro de Santa Clara, compreendendo o túmulo da Rainha Santa Isabel) (ver Decreto)