De arquitectura maneirista e barroca (sécs. XVII-XVIII), este templo foi alvo de diversas campanhas de obras que lhe alteraram o projecto inicial, nomeadamente após o terramoto de 1755, quando parte significativa da sua estrutura foi seriamente danificada.
De planta em cruz latina, de volumetria paralelepipédica, coberta por duas águas, nave única, com capelas laterais intercomunicantes, transepto saliente e capela-mor pouco profunda, a fachada principal desenvolve-se em dois pisos inteiramente revestidos a cantaria, e ao interior do qual se acede através de uma escadaria em leque. O acesso à galilé é efectuado mediante a transposição de três arcos assentes em pilastras e ladeados por nichos com estatuária representativa de Santo António e São Francisco, sobre os quais existe um vão ovalado e emoldurado com a escultura de Nossa Senhora de Jesus a preceder um frontão triangular. Por cima deste, destacam-se três janelões num piso ritmado pela presença de pilastras jónicas.

Será, ainda, de realçar, o facto da cobertura da nave e da capela-mor ser feita por abóbada abatida, ao passo que a do transepto é efectuada por abóbada de berço. O tecto apresenta-se decorado com estuques, merecendo especial destaque os azulejos, as pinturas, os retábulos de talha dourada e as esculturas. SML

(A igreja faz igualmente parte do conjunto "Antigo Convento de Nossa Senhora de Jesus e restos da cerca conventual, incluindo a Igreja de Nossa Senhora de Jesus, a Academia das Ciências, o Museu Geológico, a Capela da Ordem Terceira de Nossa Senhora de Jesus e o Hospital de Jesus, classificado como CIP pela Portaria n.º 1176/2010 , DR, 2.ª Série, n.º 248, de 24-12-2010 (ver Portaria))
Decreto n.º 33 587, DG, I Série, n.º 63, de 27-03-1944 (ver Decreto)