A edificação do Hospital de São Marcos remonta ao ano de 1508, e deve-se à dinâmica do governo eclesiástico de D. Diogo de Sousa, cujo sentido foi posteriormente retomado, sob o governo de D. Gaspar de Bragança, que finalizou as obras e a própria mensagem iconográfica. Esta última encontra-se intimamente relacionada com a edificação de um monumento, evocativo do martírio do orago e dos restantes discípulos de Cristo, presentes na balaustrada. De facto, a leitura do apostolado (atribuído a Landim) e a sua ligação às evocações centralizadoras da planta e da fachada celebram e destacam a ligação entre o orago (o apóstolo São João Marcos) "com o Cenáculo e com os Apóstolos, seus assíduos frequentadores" (DUARTE, 1996, p. 176). Recorde-se que São João Marcos, discípulo de Cristo e evangelizador com São Paulo e São Barnabé, era o proprietário da casa onde Cristo celebrou a Última Ceia e onde ocorreu o Pentecostes. A presença em Braga das suas relíquias (o túmulo venera-se na capela-mor da igreja) e toda a controvérsia associada, não impediram que o seu culto fosse muito celebrado na cidade, e os milagres por si perpetuados eram de tal ordem que o largo da igreja, sob a sua invocação, passou a ser conhecido como Campo dos Remédios.
Mas, regressando à história do Hospital, este foi erguido no local onde existia uma ermida, pelo menos desde o século XII, dedicada a São Marcos, e ainda uma albergaria e um convento templário. Como já referimos, foi D. Diogo de Sousa quem fundou o Hospital, reunindo neste novo organismo todos os outros existentes na cidade, num esforço de centralização das instituições assistenciais de Braga, que se enquadra num quadro mental mais amplo, relacionado com "a ideologia renascentista e italianizante, pela qual o prelado se orientava" (DUARTE, 1996, p. 156). A primeira administradora do Hospital foi a Câmara Municipal, mas em 1559 essa responsabilidade foi transferida para a Misericórdia, por intervenção de Frei Bartolomeu dos Mártires.
Mais tarde, e já no século XVIII, o edifício foi objecto de uma grande ampliação, cujas obras tiveram início no claustro grande (1721-23) e enfermarias, estendendo-se, pouco depois, à igreja e ao claustro pequeno. O projecto foi concebido por Manuel Pinto Vilalobos, e executado por Pascoal Fernandes e Manuel Fernandes da Silva (este último já havia trabalhado no edifício, em 1706, numa intervenção de menor envergadura) (ROCHA, 1996, p. 157). Todavia, problemas com os desenhos levaram a que, em 1733, Carlos António Leoni apresentasse um novo projecto para a igreja e claustro pequeno, cuja concretização se prolongou, pelo menos, até à década de 1750. Sabe-se que André Soares também colaborou nesta construção, mas não foi ainda possível conhecer a extensão da sua contribuição (DUARTE, 1996, p. 158).
Esta sequência de obras, com atrasos motivados pela falta de recursos financeiros, conduz-nos, já na segunda metade do século XVIII, à figura de Carlos Amarante, cuja intervenção permanece ainda por esclarecer. É inequívoca a vontade da Misericórdia em terminar o edifício, apesar da nova igreja ter ficado concluída apenas em 1836, ano em que foi inaugurada. Todavia, não é possível perceber se Amarante concebeu um projecto de raiz ou se, pelo contrário, apenas concluiu e respeitou a estrutura pré-existente, e nesse caso, da autoria de Vilalobos. De qualquer forma, os investigadores parecem concordar nos elogios à solução encontrada, reveladora de uma forte unidade, que conjuga o templo central, de fachada convexa, com os dois blocos civis que o enquadram, numa linguagem clássica, influenciada por outras igrejas (como a de Nosso Senhor dos Passos, em Guimarães, de André Soares, ou a do convento de São Bento de Avé-Maria, no Porto) e pela tratadística francesa, mas cujo carácter barroco é inegável (DUARTE, 1996, p. 170). (Rosário Carvalho)

Decreto n.º 40 684, DG, I Série, n.º 146, de 13-07-1956 (ver Decreto)