A irmandade da Misericórdia de Estremoz foi fundada em 1502 (União das Misericórdias Portuguesas, 2003), funcionando originalmente na Igreja de São Miguel e tendo desde 1578 a tutela do Hospital de Nossa Senhora dos Mártires (ESPANCA, 1975). Em 1610 um alvará régio autorizava a confraria a instalar-se em casas próprias no Largo da Porta Nova, nas quais funcionavam as enfermarias (Idem, ibidem).
No último quartel do século XIX o provedor José Joaquim de Carvalho pediu para que as instalações da Misericórdia se mudassem "(...) para o extinto convento das Maltezas, que reunia possibilidades excepcionais de expansionismo hospitalar (...)" (Idem, ibidem), transferência que ocorreu cerca de 1881.
O designado Convento das Maltesas, ou de São João da Penitência, foi instituído em 1519, sendo o único cenóbio dos Cavaleiros de Rodes em Portugal, sendo posteriormente integrado na Ordem de Malta (Idem, ibidem). Divergem as informações sobre quem teria sido o mecenas da edificação do complexo conventual, sendo esta atribuída quer a D. Manuel, o que situaria o início das obras antes de 1521, quer ao Infante D. Luís, seu filho (Idem, ibidem). Quando o espaço conventual foi ocupado pelas instalações assistenciais da Misericórdia, a estrutura do edifício foi bastante alterada, subsistindo o claustro original.
Construído possivelmente no primeiro quartel do século XVI, apresenta uma estrutura "híbrida" "contrafortada e arcaizante" com elementos góticos e manuelinos no piso térreo. As arcadas do registo inferior são constituídas por arcos lanceolados geminados. Os espaços interiores são cobertos por abóbadas de ogivas e arestas com decoração zoomórfica e antropomórfica. A cércea foi aumentada no século XVII com um segundo registo, de arcada apoiada em pilares toscanos.
Actualmente, o espaço do Convento das Maltesas é utilizado por diferentes entidades. O templo é utilizado para ofícios religiosos, parte das dependências conventuais continuam a ser tuteladas pela Misericórdia e o espaço do claustro recebeu em 2001 o Centro Ciência Viva de Estremoz.
Catarina Oliveira
GIF/IPPAR/2006

Decreto n.º 9 842, DG, I Série, n.º 137, de 20-06-1924 (ver Decreto)