Foi em 1427 que o infante D. João, mestre da Ordem de Santiago e Condestável do Reino, mandou erguer numa grande propriedade de Azeitão umas casas de que restam hoje, como únicos vestígios, algumas abóbadas ogivais (CALADO, 1993, p. 73). Herdou a quinta a sua filha D. Brites e o marido, o infante D. Fernando, pais do futuro rei D. Manuel, e por cuja iniciativa se remodelou a casa de acordo com um gosto mais moderno, certamente típico da arquitectura residencial de transição de finais do século XV e inícios do XVI, incluindo a cerca torreada e alguns revestimentos azulejares quatrocentistas de modelo levantino que ainda se podem apreciar numa dependência. A quinta, então conhecida por "Villa Feyxe" ou Vila Fresca, foi vendida em 1528 a Brás de Albuquerque, filho do Vice-rei da Índia Afonso de Albuquerque e proprietário da Casa dos Bicos, em Lisboa.
É a Brás de Albuquerque que se deve a maioria da construção que podemos admirar actualmente, sendo no entanto difícil determinar com exactidão a parte que já estaria edificada até à sua intervenção. Entre 1528 e 1554, data na qual a obra principal estaria terminada, conforme consta de inscrição numa porta, foram realizadas as remodelações de gosto erudito e claássico que fazem da Bacalhoa um dos primeiros e mais belos exemplares de arquitectura civil renascentista do país, tal como a vizinha Quinta das Torres. A planta em L, representando uma inovação que faria escola na arquitectura posterior, afirma-se como uma das novidades importadas por Albuquerque aquando da sua deslocação a Itália, em 1521-22. A regularidade da planta, a preocupação de simetria no rasgamento dos vãos, as escalas e a espacialidade, e ainda elementos clássicos como galerias, colunatas, pavilhões e tondi decorativos, fazem do Palácio uma obra notável, a ponto de ter já sido atribuída a Andrea Sansovino, sendo mais plausível no entanto imaginá-la no círculo de Francisco de Arruda (RASTEIRO, 1898). Características arquitectónicas de tipo militar, aliás perfeitamente quinhentistas, como são a cerca torreada, os robustos torreões cilíndricos com cúpulas de gomos que rematam as extremidades e o ângulo das fachadas, e os cubelos com coroamentos piramidais da "casa de fresco", parecem apontar para a intervenção do arquitecto das fortalezas da Índia; de qualquer forma, é impossível não imaginar os melhores artista do reino contribuindo para o esplendor da propriedade, onde se destacam os medalhões dos Della Robbia com bustos relevados no muro do tanque, ou outros atribuídos a Nicolau de Chanterene (RASTEIRO, 1898) na galeria norte, ou ainda o magnífico revestimento azulejar do pavilhão, incluindo um painel datado de 1565 e assinado por Eneas Vito, artista que trabalhou em Fontainebleau (AZEVEDO, 1969, p. 113).
Acede-se à casa por um pátio quadrangular murado, diante do qual se ergue a fachada principal, com uma galeria de treze arcos sobre colunas lisas. A construção distribui-se em torno do jardim que ocupa o interior do L, abrindo para um labirinto de buxo; encostado ao muro, a Sul, ergue-se a Casa de Fresco, composta por três torreões ligados entre si por galerias de arcadas que deitam para o grande tanque. Ainda adossados ao muro, a meio da quinta, erguem-se dois pavilhões de recreio, a Casa da Índia e a Casa das Pombas, decoradas com belíssimos azulejos quinhentistas. No edifício principal destacam-se as proporções e regularidade dos alçados renascentistas, com profusão de arcarias e uma loggia perfeitamente italianizante, sendo as várias fenestrações decoradas com nichos e medalhões com bustos. Os temas iconográficos de toda a decoração são essencialmente de cariz clássico, bem adequados ao gosto humanista e à figura de Albuquerque, exibindo heróis da Antiguidade e outras referências mitológicas. Por último, saliente-se que o nome de Bacalhoa resulta certamente da corrupção de Bacalhau, apelido de D. Jerónimo Manuel, um dos seus proprietários em finais do século XVI. SML

Declaração de Rectificação n.º 10-E/96, DR, I Série-B, n.º 127, de 31-05-1996 (rectificou o distrito indicado no diploma anterior, de Lisboa para Setúbal) (ver Declaração)
Decreto n.º 2/96, DR, I Série-B, n.º 56, de 6-03-1996 (alterou para "Palácio e Quinta da Bacalhoa") (ver Decreto)
Edital N.º 150/92 de 19-06-1992 da CM de Setúbal
Despacho de homologação de 4-01-1979 do Secretário de Estado da Cultura
Parecer favorável de 4-01-1979 da COISPCN
Proposta de 23-11-1978 da DGEMN para alargamento da classificação a toda a quinta
Decreto de 16-06-1910, DG, n.º 136, de 23-06-1910 (classificou o Palácio da Bacalhoa) (ver Decreto)