A primitiva igreja erguida neste local era da invocação de Nossa Senhora da Misericórdia, e constituía o segundo maior templo da Lisboa manuelina, só ultrapassado pelo Mosteiro de Santa Maria de Belém ou dos Jerónimos. Foi sede da primeira Misericórdia do país, confraria instituída em 1498 por iniciativa de D. Leonor, irmã de D. Manuel I, e do seu confessor Frei Miguel Contreiras. A igreja foi destruída pelo terremoto de 1755.
Pela mesma altura ruíra também a igreja que D. Manuel doara em 1502 aos freires da Ordem de Cristo, conhecida como Igreja da Conceição dos Freires e mais tarde da Conceição Velha (por entretanto se ter levantado uma nova Igreja da Conceição na capital), e que foi construída no lugar da sinagoga da Judiaria Grande. Aquando da reconstrução pombalina da antiga Misericórdia, todos estes elementos se conjugaram para causar alguma confusão na história do edifício. A Igreja da Conceição dos Freires ou Conceição Velha não foi incluída no plano pombalino de reconstrução da Baixa lisboeta; em vez disso, D. José deu aos frades o local da igreja da Misericórdia, mandada reedificar ao arquitecto pombalino Francisco António Ferreira (com colaboração de Honorato José Correia) em 1770, perdendo a sua invocação original e passando a ser a "nova" Conceição Velha. Assim, alguns autores de renome viriam a localizar, erradamente, a Sinagoga Grande de Lisboa na Rua da Alfândega, por via da sua identificação com a destruída Igreja da Conceição.
Francisco António Ferreira, conhecido como o Cangalhas, aproveitou o portal lateral, mainelado, duas janelas manuelinas, um baixo - relevo de Nossa Senhora da Misericórdia, e a capela do Santíssimo Sacramento, esta já do século XVII, que adaptou a capela-mor. Desta forma alterou-se a orientação do templo, cujo portal transversal Sul passou a principal, a eixo com uma capela-mor que era anteriormente uma capela lateral.
A fachada é coroada por um singelo frontão triangular, e rasgada pelo portal manuelino embutido e pelos janelões. O portal é em arco redondo encimado por conopial, tímpano com alto-relevo representando a Virgem da Misericórdia de manto aberto, sob o qual se abrigam vária figuras ajoelhadas. Entre estas destacam-se D. Manuel e sua irmã D. Leonor e o papa Leão X. Sob o tímpano o portal desenvolve-se em arco duplo com mainel central, ladeado por pilastras. Os janelões são igualmente em arco redondo, e muito semelhantes aos do Mosteiro dos Jerónimos. Contém a habitual gramática decorativa manuelina, combinando grutescos renascentistas e putti com representações tardo-medievais e naturalistas e com a heráldica régia (cruz da Ordem de Cristo e esfera armilar).
O interior é de nave única, com capelas colaterais, coro-alto e capela-mor rectangular. Aqui se conservam várias esculturas de valor, talhas, e revestimentos de azulejos e estuques setecentistas. Aquando da mudança, os freires da Ordem de Cristo levavam consigo uma estátua de Nossa Senhora do Restelo, trazida ainda da Capela de Belém.
No conjunto, o edifício setecentista é uma construção projectada com pouca graça e alguma falta de habilidade, com um interior sombrio e apertado, e valorizada apenas pelos importantes elementos manuelinos que integra.
Sílvia Leite / DIDA / IGESPAR, I. P. / 16-04-2008

Decreto de 16-06-1910, DG, n.º 136, de 23-06-1910 (ver Decreto)