Fundada no tempo de D. João IV no sítio da Pedreira, e inaugurada em 1652, esta igreja mostra um prospecto de severo "estilo chão", com fachada de duas torres servida por escadório lateral a fim de vencer o desnível do adro.

Já o interior revela um precioso recheio de arte barroca dos séculos XVII e XVIII, de certo modo inesperado face à secura do exterior, e que se integra dentro do conceito da 'arte total', tão específico dos programas decorativos portugueses da Idade Moderna. A obra de talha dourada da capela-mor, de Estilo Nacional, é devida ao entalhador Manuel João da Fonseca (1685). Nesta capela-mor, encontra-se o túmulo de D. João Bermudes, patriarca de Alexandria e Etiópia, falecido em 1570, que procede da anterior ermida. Os efeitos do terremoto foram nocivos e impuseram muitas obras de restauro no templo, mas ainda resta, da campanha anterior a 1755, a obra do coro barroco, com colunas de elegância berniniesca, em pedra acinzentada, suportando uma balaustrada, que remete para campanha barroca do início do século XVIII.

O terremoto de 1755 fez estragos no templo, tendo desaparecido o tecto de caixotões de brutesco (1670) que cobria a nave; o actual tecto, de pintura em estuque, alusivo ao orago, data do fim do século XIX e deve-se a João Câncio de Sousa. Chegaram até hoje, as telas do sub-coro, com cenas da iconografia de São Sebastião, pintadas em 1740 por Jerónimo da Silva, que aqui demonstra ser um dos mais conceituados pintores de figura activos em Lisboa na época joanina. Na capela do Sacramento, existe uma tela de Cyrillo Volkmar Machado.

Decreto n.º 39 521, DG, I Série, n.º 21, de 30-01-1954 (ver Decreto)