Não são ainda claras as origens do antigo Convento de São Francisco de Guimarães. As opiniões mais consensuais situam a sua origem nos inícios do século XIII, em pleno reinado de D. Afonso III, o que lhe confere o estatuto de ser uma das primeiras casas conventuais nacionais. Infelizmente, desse primitivo conjunto nada chegou aos nossos dias. No reinado de D. Dinis, na sequência dos muitos melhoramentos das estruturas militares, o convento foi demolido, por se encontrar muito próximo das muralhas e de, por isso, prejudicar a eficaz defesa do burgo.
O edifício gótico que hoje vemos é o produto de uma segunda campanha construtiva. Autorizada por D. João I, a 3 de Novembro de 1400, a edificação do novo convento de São Francisco revelou-se bastante demorada, arrastando-se praticamente por todo o século XV. A cabeceira, por exemplo, data de c. 1461, ano em que D. Constança de Noronha, Duquesa de Bragança, tomou o hábito franciscano. As suas armas foram representadas no bocete da abóbada da capela-mor (DIAS, 1994, p.132), o que revela a acção directa desta Senhora na construção. De um ponto de vista estilístico, esta cabeceira pouco difere do modelo mendicante inaugurado no nosso país no século XIII: capela-mor ladeada por dois absidíolos, homogeneamente cobertos por abóbadas de cruzaria de ogivas; iluminação efectuada por amplas janelas verticais, abertas em panos limitados por contrafortes. Característica comum em todo este conjunto é a filiação artística, já vincadamente batalhina, visível nas molduras dos colunelos e das nervuras, assim como nos capitéis (DIAS, 1994, p.132). Apesar da sua datação relativamente tardia, a cabeceira da igreja de São Francisco é um dos poucos exemplos no Norte do país que comprovam a importância do grande Mosteiro da Batalha, enquanto obra modelar ao longo de todo o século XV.
Infelizmente, as outras partes góticas que subsistiram das múltiplas reformas modernas, não se equiparam em qualidade à cabeceira, sem, contudo, deixarem de revelar a influência batalhina. O portal principal, muito pouco decorado e integrado numa ampla massa pétrea, que parece ter mais de Românico que de Gótico, apresenta um traçado irregular da sua curvatura, e os capitéis são bastante menos cuidados. Também a Sala do Capítulo denota uma clara tendência para a ausência de decoração, facto que deverá apontar para uma datação ainda mais tardia que a da cabeceira, muito próxima, já, do século XVI.
Foram muitas as obras por que o convento passou ao longo da época moderna. A primeira grande campanha deu-se em finais do século XVI, altura em que se construiu o clássico claustro de dois andares. Da autoria de Gonçalo Lopes, é uma das mais importantes obras maneiristas de Guimarães, a par da fachada da igreja da Misericórdia da cidade, apresentando mesmo uma linha artística erudita e bastante racionalizada, como o prova a rígida organização da quadra e respectivos cânones dos suportes.
Ainda mais importante foi a transformação do interior da igreja, de Gótico a Barroco. Este processo deu-se numa campanha decorativa bastante significativa para a cidade, e para o próprio convento, que conseguiu, nessa altura, reunir as quantias necessárias a tão profunda remodelação. Painéis de azulejos passaram a decorar as paredes da capela-mor e da nave; a nova sacristia apresenta um figurino tipicamente joanino, com o seu tecto de caixotões pintados e os arcazes de pau-preto... Toda esta campanha culminou com a construção do magnífico retábulo-mor, "uma das obras-primas da talha portuguesa" (ALVES, 2000, p.59), desenhado por Miguel Francisco da Silva, em 1743, e executado por Manuel da Costa Andrade.
No século XX, as obras de restauro efectuadas pela DGEMN privilegiaram a consolidação das estruturas, não alterando significativamente o aspecto geral do edifício. Destaca-se, neste processo, o restauro do painel de pintura a fresco "Santo António e Bispo", uma das principais obras fresquistas do Minho tardo-medieval.
PAF

Decreto n.º 735/74, DG, I Série, n.º 297, de 21-12-1974 (a classificação passa a abranger o claustro e o edifício barroco da Ordem Terceira, incluindo a sacristia do século XVIII da igreja joanina) (ver Decreto)
Decreto n.º 39 175, DG, I Série, n.º 77, de 17-04-1953 (classificou parte da Igreja de São Francisco, constituída por abside e absidíolos) (ver Decreto)
Decreto n.º 30 762, DG 225, de 26-09-1940 (classificou os frescos existentes no Convento de São Francisco)