A construção da Igreja de São Francisco de Serpa, integrada no convento do mesmo nome (mais tarde Convento de Santo António), está intimamente relacionada com a actividade mecenática dos Duques de Beja, senhores desta vila alentejana entre meados do século XV e meados do século XVI. A primeira edificação terá sido ordenada pelo Infante D. Fernando, 1º Duque de Beja e pai do futuro rei D. Manuel, destinando-se a abrigar frades franciscanos do convento lisboeta de Xabregas. O senhorio de Serpa passou entretanto para D. Manuel, que reconstruiu o templo em 1502, já durante o seu reinado.
O edifício levanta-se no exterior da zona muralhada, no Largo de São Francisco, reflectindo desta forma o surto de crescimento urbano da vila nessa época. A igreja, de planta longitudinal, é antecedida por uma galilé, que se encosta (a Norte) à mole do convento, avançada em relação à fachada do tempo. A galilé, vazada por três largos arcos ogivais, coberta por telhado de duas águas enquadrados por merlões chanfrados, e ritmada por contrafortes cilíndricos com coruchéus cónicos, constitui-se como o elemento mais característico do conjunto, bem típico do manuelino-mudéjar alentejano, já então inaugurado, no que respeita aos volumes escalonados e ameiados, na Ermida de São Brás de Évora. De mencionar ainda a abóbada desta galilé, formando estrelas de quatro pontas assentes em mísulas, que se repetem no nártex do convento adjacente e compõem talvez a solução mais frequente no Alentejo (SILVA, José Custódio Vieira da, 1989). A fachada principal da igreja é rasgada por um janelão ogival, deitando sobre a galilé, e por um portal em arco quebrado com arquivoltas e alfiz, sobre o qual se destaca o escudo de Portugal rodeado pela esfera armilar e pelas insígnias franciscanas (cordão para cingir a túnica, com três nós).
O interior, de nave única, é coberto por abóbada de berço, já de finais do século XVI. Na parede Sul rasgam-se duas capelas, estas igualmente de feição clássica, mais propriamente Maneirista, e no muro fronteiro existe apenas a porta de ligação ao claustro e dependências conventuais. A capela-mor, com arco triunfal ogival moldurado, é também coberta por abóbada estrelada sobre mísulas, à semelhança do andar inferior do claustro e da já citada galilé; num e noutro caso destacam-se os fechos de abóbada exibindo heráldica manuelina. Anexa à parede Sul da capela-mor fica a capela dos irmãos Terceiros Franciscanos (presentemente funcionando como sacristia), espaço claramente barroco, do início de Setecentos, coberta por abóbada de berço abatida, e revestida com pinturas murais representando arquitecturas perspectivadas e temas marianos (incluindo uma Imaculada Conceição). As paredes são integralmente revestidas com silhares de azulejos azuis e brancos, com cenas da vida do padroeiro, destacando-se a permanente intercessão da Virgem no percurso de São Francisco.
SML

Decreto de 16-06-1910, DG, n.º 136, de 23-06-1910 (ver Decreto)